兩岸運輸業雙重課稅問題解套，業者請速向稅捐稽徵機關辦理退稅。為避免因未申請核准免稅而須先繳稅後再辦理退稅，財政部南區國稅局特籲業者應事先申請核准，以免徒增困擾，以維自身權益。
依「海峽兩岸海運協議及空運補充協議稅收互免辦法」第三條規定，大陸地區船舶運送業於九十七年十二月十五日以後、民用航空運輸業於九十八年六月二十五日以後，自台灣地區載運客、貨進入大陸地區取得之運輸收入，營業稅稅率為零，其所得亦免徵營利事業所得稅。
財政部南區國稅局昨天指出，大陸地區船舶運送業或民用航空運輸業自上述日期以後，取得運輸收入及所得，可依兩岸稅收互免辦法第五條但書規定檢附目的事業主管機關核可文件、所得相關證明及其他相關文件，事先向給付人（即扣繳義務人）所在地之稅捐稽徵機關申請核准免徵營利事業所得稅，或於辦理營利事業所得稅結算申報或申報納稅時併同申請，由稽徵機關核定其免徵之營利事業所得額。
該局特別提醒，大陸地區船舶運送業或民用航空運輸業者，如已依各類所得扣繳率標準扣繳，或已辦理結算申報納稅者，得依該互免辦法第六條規定，自繳納稅款之日起五年內，除檢附前項證明文件外，尚需檢附扣繳憑單或申報書及繳款書正本，向原受理之稅捐稽徵機關辦理退還溢繳稅款。
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